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El sistema QIAEX II proporciona una suspensión de partículas de sílice a las que se unen fragmentos de ADN en presencia de sales caotrópicas. La suspensión QIAEX II se agrega a soluciones o cortes de gel de agarosa solubilizados y se une al ADN. Las partículas se recogen mediante una breve centrifugación, se lavan y el ADN de 40 pb a 50 kb se eluye en tampón Tris o agua.